Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi organizasyon yapısı; Rektörün uygun göreceği SEM'den sorumlu Rektör Yardımcısının yönetiminde Uygulama-Araştırma Merkezleri Koordinatörlüğü, Merkez Müdürü, Müdür Yardımcıları, Danışma Kurulu ve Yönetim Kurulu ile desteklenir. Yapı, bilimsel ve idari karar süreçlerinde çok katmanlı bir yönetim anlayışı sunar.